Pour trouver l'origine del Dia de los muertos, il est nécéssaire de se plonger dans la culture indigène préhispanique. En effet, les rites dédiés aux ancêtres, dans les civilisations mésoaméricaines, remontent à environ trois mille
ans. La petite fête était célébrée vingt jours avant la grande, au mois d'août, coïncidant avec la fin du cycle agricole du maïs, de la courge, des pois et des haricots21. Elle commençait avec la coupe du xócotl, un arbre dont
on retirait l'écorce et qu'on décorait de fleurs.
À l'époque préhispanique, il était également courant de conserver les crânes des victimes de sacrifice humain et de les exposer lors de certains rituels, notamment sur un tzompantli.
Les festivités étaient présidées par le dieu Mictecacihuatl, connu sous le nom de Dame de la mort.